由评估机构评估：

弊端是评估机构有时难以做到客观公正，经常会发生企业主对评估价格不满时产生纠纷的情况，如果企业主无法通过协议维护自己权益可以提出异议申请复审或请专家审查。

按照房屋面积计算：

优势是方法简单，弊端是此方法简单但是忽略了企业的特性，这会使得某些企业受益，一些企业受损。

按照经营收入，利润、纳税情况等指标确定：

具体操作是让企业提供完税证明来确定税后利润，然后按月补偿。需要注意的是有些企业通过一些手段逃税，此行为会影响到损失补偿额。

根据房屋性质补偿：

通过区分企业用房是住宅用房还是非住宅用房，针对不同性质的用房制定不同的补偿标准，具体方案看当地的规定；还有的地方是由被拆迁人提供相关材料证明停产停业损失的数额，通过与征收人协商确定。

按照被征收房屋市场评估价的百分比确定：

如果通过评估方式确定停产停业损失补偿，具体计算公式为

停产停业损失补偿费=（用于生产经营的非住宅房屋的月租金+月净利润×修正系数+员工月生活补助）×停产停业补偿期限。其中：

1）月租金参照市场价；

2）月净利润按房屋征收决定公告前12个月的损益表确定，无损益表的，按前12个月实际缴纳的企业所得税推算；

3）修正系数根据使用被征收房屋生产经营运行状况和市场预期进行修正，调整幅度不得超过20%；

4）员工生活补助是支付给员工的基本生活保障，按房屋征收决定发布前上个月的当地最低工资标准计算，员工数量以生产经营者在征收决定发布前12个月缴纳社会保险的月平均人数计算。

5）停产停业补偿期限由房地产价格评估机构评估确定。对从事生产制造的经营性房屋，厂房建筑面积超过1000平方米的，标准停产停业期限是7个月。征收房屋容积率≤0.5时，补偿期限可酌情上浮，但最大上浮幅度不超过20%。通常，停产停业期限最长不超过12个月。

需要强调的是，实践中一般情况下的停产停业损失补偿计算远没有这么麻烦、细致，而是适用较为简单直接的按被征收房屋价值“一刀切”的模式操作，这也为征收方所推崇。在这种情况下，上述公式就无用武之地了。